שלטון המייחדים-אליעזר בשן
תקופה קשה עברה על יהודי מרוקו בתקופת שלטונם של המומינים (בעברית ׳מייחדים׳) מ־1146 עד 1269. תנועה זו נוסדה על ידי מנהיג דתי ברברי בשם מוחמד אבן עבדאללה אבן תומרת ב־1121. חסידיו הכירו בו כמהדי, מנהיג במצוות אללה שיביא את האסלאם לדרך הנכונה ויחנוך את ממלכת אללה עלי אדמות. הם יסדו את העיר רבאט מול סלא. בימי יורשיו התפשט שלטונם מעמקי האטלס הגבוה, מכורתם, ועד שלהי המאה ה־12 הם שלטו על מרבית צפון אפריקה וספרד. הם שאפו להכניס תחת כנפי האסלאם את כל היושבים בשליטתם. הלהט המשיחי שלהם לא סבל כל סטייה ממשנתם, ולפיכך נשללה מהיהודים, ועוד יותר מהנוצרים, הסובלנות שהשריעה (ההלכה המוסלמית) מצווה עליה. הנצרות הוכחדה סופית במרוקו. היהודים הועמדו בפני הברירה: התאסלמות, גירוש או מוות.
בספרד גילו המייחדים קנאות קיצונית יותר, והיהודים שם נאלצו להתאסלם או לברוח. קהילת סבתה קלטה כמה חכמים שברחו מספרד, ביניהם ר׳ יהודה המערבי, תלמידו של הרמב״ם, והמשורר יהודה בן עבאס, ידידו של ר׳ יהודה הלוי.
סגילמאסה נכנעה ב־1140 לעבד אלמומין. באגרת מ־1148 שנמצאה בגניזה, כתב שלמה הכהן בפוסטאט, כי עבד אלמומין אסף את היהודים והציע להם להתאסלם. 150 מהם סירבו, ומתו על קידוש השם, והאחרים, ביניהם הדיין יוסף בן עמראן, התאסלמו. היו ביניהם שנמלטו לדרעה. יהודים מסגילמאסה היגרו למצרים, ויהודה סגילמאסי, שעסק בסחר עם הודו, היה פקיד הסוחרים בפוסטאט בסוף שנות ה־40 של המאה ה־12.
קהילות יהודיות, ביניהן באיזור תפילאלת, נהרסו בתקופת המאבק בין המורבטון והמייחדים. ר׳ אברהם אבן עזרא (1089־1164), שבעצמו ברח מפני הקנאים, חיבר קינה בסוף שנות ה־50 של המאה ה־12 על חורבן קהילות ספרד והמגרב בשנים 1138־1140. בקינה הוא מזכיר את הקהילות תלמסאן (עתה באלגייריה), סבתה, פאס, מכנאס, סגילמאסה (עיר גאונים ונבונים׳), וכן את סוס, אגמאת (כ־40 ק״מ דרומית־מזרחית למראכש) ודרעה. חורבן הקהילות מתאשר גם ממקורות ערביים. עם זאת, כמה חוקרים מניחים, שלמרות רדיפות המייחדים המשיך היישוב היהודי להתקיים בדרום.
המייחדים פשטו על פאס בשנים 1146־ד114. בשנים הראשונות גילו עדיין סובלנות, אך בימי יוסוף, יורשו של עבד אלמומין, גברה הקנאות. ב־1147 הרסו המייחדים את קהילת מראכש. ב־1150 השתלטו על מכנאס ואילצו את היהודים להתאסלם, כמו במקומות אחרים. בתי כנסת וספרי קודש נשרפו, ונאסר לקיים את מצוות הדת היהודית. היו יהודים שהתאסלמו למראית עין, כדי לשמור על רכושם וחייהם, ואת יהדותם קיימו בסתר.
ר׳ מימון הדיין עם בנו הרמב״ם עברו מקורדובה לפאס ב־1159 או ב־1160. יחד איתם היגרו אנשי רוח אנדלוסים שהתיישבו במרוקו, ובימיהם קיבלה ארץ זו צביון אנדלוסי. כאן כתב ר׳ מימון את ׳אגרת הנחמה׳, שבה עודד יהודים שנאלצו להתאסלם, והביע התנגדות לחכם שתבע מהם למות על קידוש השם ולא להתאסלם אפילו למראית עין. הרמב״ם, שלמד בפאס רפואה, כתב ב־1164 או ב־1165 את ׳אגרת השמד או ׳אגרת קידוש השם׳,
ב־1165 גברה הקנאות המוסלמית ויהודי פאס סבלו ממנה. באותה שנה, סירב להתאסלם ר׳ יהודה הכהן אבן סוסאן, המנהיג הרוחני של הקהילה. הוא נשרף בעודו חי ומת על קידוש השם. עם תלמידיו נמנו ר׳ יוסף אבן סוסאן אלכורסאני, שהיה ממנהיגי קהילת פאס, וכן ר׳ מימון ובנו הרמב״ם.
נוכח הקנאות המוסלמית עזבו שני האחרונים את פאס, יחד עם אחיותיו של הרמב״ם, והיגרו לארץ־ישראל ומשם למצרים. יהודים נוספים עזבו את מרוקו ומצאו מקלט במצרים, ביניהם צורף מסבתה, שידוע עליו מהגניזה. מצרים קלטה בתקופה זו קורבנות של קנאות מוסלמית ונוצרית. היו מהם שהגיעו חסרי כול. הרמב״ם התבקש לסייע לפליט ממרוקו בתשלום מס הגולגולת, לו ולבנו של המבקש.
בימי אבו יוסוף יעקב אלמנצור (1184־1199) נכדו של עבד אלמומין, הורע מעמדם של המתאסלמים, שהיו חשודים בהתחזות, ויהמתאסלמים החדשים׳ נאלצו להיבדל בלבושם ממוסלמים ותיקים. גם דורות לאחר מכן, כשהותר ליהודים לחזור לדתם, נשארה גזירת הלבוש. למרות המצוקה לא פסקה היצירה התורנית. ר׳ זכריה אגמאתי(1120־1195) שבצעירותו למד מפי ר׳ יוסף אבן מיגאש, כתב בשנים 1189־ 1191 פירוש להלכות הרי״ף. מפירושו ניכר שהכיר את יצירותיהם של חכמי ספרד ובבל, ושל רבנו גרשום ורש״י. במאה ה־12 כתב ר׳ אברהם בן דוד(הראב״ד השני), שחי בספרד: ׳אתה מוצא קהילות ישראל שהיו פושטות ממדינת סלא בקצה המערב אל תאהרת בראש המערב וקצה אפריקה׳(מהד' ג' כהן, עמי 67). בתקופה זו היו במרוקו קהילות בערים אלה: טנגייר, סבתה, מלא, פאס, מכנאס, אגמאת, מלאל, סגילמאסה, דרעה. ב־1227 חודשה הקהילה במראכש, אך לאחר כחמש שנים נרצחו בה היהודים.