Meknes – Joseph Toledano Portrait d'une communaute juive marocaine
A Fès, la situation se dégrada considérablement sous le dernier monarque mérinide, Abdel Haq (1421 -1465). Impuissant à contenir la reconquête progressive de l'Espagne par les chrétiens, il était confronté de plus aux tentatives des Portugais de prendre pied sur les côtes marocaines. Ils s'étaient emparés de Ceuta dès 1415. Le nouveau raid contre Tétouan en 1437 avait semé la panique à Fès. La menace d'une invasion chrétienne devait être soigneusement exploitée par les opposants, en particulier parmi les grandes familles des chérifs, qui auréolés de leur titre de descendants directs du Prophète, visaient à reprendre le pouvoir des mains de la dynastie berbère. Dans cette atmosphère de ferveur religieuse, leur coup de génie fut l'annonce de la " redécouverte du corps " miraculeusement intact " du fondateur de la ville, Idriss II, le fils du fondateur de la première dynastie chérifienne. Ce " miracle " sans précédent donnait à la ville un caractère de sainteté et en faisait un nouveau site de pèlerinage pour les musulmans du monde entier. La présence de Juifs à proximité du tombeau de ce saint apparut alors aux plus fanatiques comme une profanation dont il fallait se débarrasser. Ils ne tardèrent pas à trouver le prétexte : la rumeur que des jarres de vin avaient été trouvées dans plusieurs mosquées, intentionnellement déposées par des Juifs pour les profaner. Il s'en suivit des émeutes qui firent un grand nombre de victimes parmi la population juive. Les autorités furent contraintes de réagir. A la fois pour punir les Juifs de cette grave transgression du pacte d'Omar, et pour les regrouper afin de mieux les protéger de nouvelles attaques éventuelles de la populace, Abdel Haq décida donc en 1438 de les évacuer de la Vieille Ville devenue sainte et de leur construire un quartier spécial proche de son palais dans la Nouvelle Ville, Fas Jdid. Le site choisi était sans doute l'ancien marché du sel, d'où son appellation de mellah, qui avec les siècles allait devenir au Maroc le synonyme de quartier dans lequel les Juifs étaient tenus d'habiter. Innovation lourde de conséquences, érigeant en pratique normative contraignante ce qui n'était jusque qu'un simple usage volontaire. Bien que jusque là librement autorisés à choisir leur lieu de résidence dans les villes, les Juifs avaient partout l'habitude, pour des raisons de commodité – proximité de la synagogue, du mïkvé, des écoles, du tribunal rabbinique : des boucheries cacher -de se regrouper dans certaines rues ou quartiers. Ni le Pacte d'Omar ni la Halakha n'imposent de ségrégation, d'habitat séparé. Discrimination d'une grande cruauté pour certains : ne pouvant se résoudre à quitter leurs belles maisons et leur environnement, nombre de richards juifs de la ville préférèrent l'apostasie au transfert. Répondant à une situation particulière et non résultat d'un changement radical d'orientation idéologique ou politique, cette politique de ségrégation devait rester très longtemps limitée à la seule capitale. Toutefois le confinement des Juifs de Fès dans un quartier séparé ne devait pas empêcher un massacre général suite au soulèvement de la ville en 1465 contre le dernier sultan Mérinide, Abdel Haq et son grand vizir juif, Haroun Ben Betash. Cette fois l'événement ne resta pas limité à Fès. Meknès était trop proche pour échapper au même destin comme le rapporte un chroniqueur égyptien contemporain, en visite en Afrique du Nord : " Le 7 juin 1465, la nouvelle nous est parvenue à Tlemcen qu'une grande foule des habitants de Fès avait attaqué les Juifs et les avaient massacrés jusqu'au dernier, n'y ont échappé que cinq hommes et six femmes …La nouvelle est ensuite parvenue aux autres villes et les musulmans se sont soulevés contre les Juifs et leur ont fait subir le même sort qu'à Fès. Une grande catastrophe s'abattit sur eux comme ils n'en avaient jamais connu auparavant…"
Le fondateur de la nouvelle dynastie des Wattassides, Mohammed El Cheikh (1472 1505 ) battu une première fois à Meknès en 1465, s’empara de Fès en 1472. Un de ses premiers gestes fut, avec l'aval de la plus haute autorité religieuse, le cadi de Fès, d'autoriser les Juifs qui s'étaient convertis de force à l'islam pour échapper au massacre de 1465, à revenir à la religion de leurs parents – la loi coranique ne reconnaissant pas la validité de la conversion sous la contrainte.
C'est ce sultan, décrété par les rabbins contemporains comme un Juste des Nations qui devait – dans les territoires qu'il contrôlait, une grande partie du pays lui échappant, dont plusieurs ports occupés par les Portugais comme Arzila, Larache, Tanger, Safi – ouvrir grandes les portes du pays aux Juifs expulsés d'Espagne par les Rois Très Catholiques.